Titre
Randomly barcoded transposon mutant libraries for gut commensals I: Strategies for efficient library construction.
Type
synthèse (review)
Institution
UNIL/CHUV/Unisanté + institutions partenaires
Périodique
Auteur(s)
Tripathi, S.
Auteure/Auteur
Voogdt, CGP
Auteure/Auteur
Bassler, S.O.
Auteure/Auteur
Anderson, M.
Auteure/Auteur
Huang, P.H.
Auteure/Auteur
Sakenova, N.
Auteure/Auteur
Capraz, T.
Auteure/Auteur
Jain, S.
Auteure/Auteur
Koumoutsi, A.
Auteure/Auteur
Bravo, A.M.
Auteure/Auteur
Trotter, V.
Auteure/Auteur
Zimmerman, M.
Auteure/Auteur
Sonnenburg, J.L.
Auteure/Auteur
Buie, C.
Auteure/Auteur
Typas, A.
Auteure/Auteur
Deutschbauer, A.M.
Auteure/Auteur
Shiver, A.L.
Auteure/Auteur
Huang, K.C.
Auteure/Auteur
Liens vers les unités
ISSN
2211-1247
Statut éditorial
Publié
Date de publication
2024-01-23
Volume
43
Numéro
1
Première page
113517
Peer-reviewed
Oui
Langue
anglais
Notes
Publication types: Journal Article ; Review
Publication Status: ppublish
Publication Status: ppublish
Résumé
Randomly barcoded transposon mutant libraries are powerful tools for studying gene function and organization, assessing gene essentiality and pathways, discovering potential therapeutic targets, and understanding the physiology of gut bacteria and their interactions with the host. However, construction of high-quality libraries with uniform representation can be challenging. In this review, we survey various strategies for barcoded library construction, including transposition systems, methods of transposon delivery, optimal library size, and transconjugant selection schemes. We discuss the advantages and limitations of each approach, as well as factors to consider when selecting a strategy. In addition, we highlight experimental and computational advances in arraying condensed libraries from mutant pools. We focus on examples of successful library construction in gut bacteria and their application to gene function studies and drug discovery. Given the need for understanding gene function and organization in gut bacteria, we provide a comprehensive guide for researchers to construct randomly barcoded transposon mutant libraries.
PID Serval
serval:BIB_455F9928A2F5
PMID
Open Access
Oui
Date de création
2024-01-10T10:10:59.602Z
Date de création dans IRIS
2025-05-20T14:06:48Z
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Nom
38142397.pdf
Version du manuscrit
published
Licence
https://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0
Taille
4.07 MB
Format
Adobe PDF
PID Serval
serval:BIB_455F9928A2F5.P001
URN
urn:nbn:ch:serval-BIB_455F9928A2F52
Somme de contrôle
(MD5):59b3e50df5683afee3459e3cefa9e603