Titre
SlimCodeML: An Optimized Version of CodeML for the Branch-Site Model
Type
article de conférence/colloque
Institution
UNIL/CHUV/Unisanté + institutions partenaires
Auteur(s)
Schabauer, H.
Auteure/Auteur
Valle, M.
Auteure/Auteur
Pacher, C.
Auteure/Auteur
Stockinger, H.
Auteure/Auteur
Stamatakis, A.
Auteure/Auteur
Robinson-Rechavi, M.
Auteure/Auteur
Yang, Z.
Auteure/Auteur
Salamin, N.
Auteure/Auteur
Éditeur(s)
Aluru, S.
Bader, D.A.
Liens vers les personnes
Maison d’édition
IEEE
Titre du livre ou conférence/colloque
HiCOMB (11th IEEE International Workshop on High Performance Computational Biology)
ISBN
978-0-7695-4676-6/12
Statut éditorial
Publié
Date de publication
2012
Première page
700
Dernière page/numéro d’article
708
Peer-reviewed
Oui
Langue
anglais
Résumé
CodeML (part of the PAML package) im- plements a maximum likelihood-based approach to de- tect positive selection on a specific branch of a given phylogenetic tree. While CodeML is widely used, it is very compute-intensive. We present SlimCodeML, an optimized version of CodeML for the branch-site model. Our performance analysis shows that SlimCodeML substantially outperforms CodeML (up to 9.38 times faster), especially for large-scale genomic analyses.
PID Serval
serval:BIB_5F7B13551FF8
Open Access
Oui
Date de création
2012-02-03T07:50:58.137Z
Date de création dans IRIS
2025-05-20T18:59:14Z
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Nom
BIB_5F7B13551FF8.P001.pdf
Version du manuscrit
preprint
Taille
600.86 KB
Format
Adobe PDF
PID Serval
serval:BIB_5F7B13551FF8.P001
URN
urn:nbn:ch:serval-BIB_5F7B13551FF83
Somme de contrôle
(MD5):f1f85a0586f879d5431cd15144940377