Titre
The Amphibian Genomics Consortium: advancing genomic and genetic resources for amphibian research and conservation
Type
autre
Institution
UNIL/CHUV/Unisanté + institutions partenaires
Auteur(s)
Kosch, Tiffany A.
Auteure/Auteur
Torres-Sánchez, María
Auteure/Auteur
Liedtke, H. Christoph
Auteure/Auteur
Summers, Kyle
Auteure/Auteur
Yun, Maximina H.
Auteure/Auteur
Crawford, Andrew J.
Auteure/Auteur
Maddock, Simon T.
Auteure/Auteur
Ahammed, Md. Sabbir
Auteure/Auteur
Araújo, Victor L. N.
Auteure/Auteur
Bertola, Lorenzo V.
Auteure/Auteur
Bucciarelli, Gary
Auteure/Auteur
Carné, Albert
Auteure/Auteur
Carneiro, Céline M.
Auteure/Auteur
Chan, Kin O.
Auteure/Auteur
Chen, Ying
Auteure/Auteur
Crottini, Angelica
Auteure/Auteur
da Silva, Jessica M.
Auteure/Auteur
Denton, Robert D.
Auteure/Auteur
Dittrich, Carolin
Auteure/Auteur
Themudo, Gonçalo Espregueira
Auteure/Auteur
Farquharson, Katherine A.
Auteure/Auteur
Forsdick, Natalie J.
Auteure/Auteur
Gilbert, Edward
Auteure/Auteur
Jing, Che
Auteure/Auteur
Katzenback, Barbara A.
Auteure/Auteur
Kotharambath, Ramachandran
Auteure/Auteur
Levis, Nicholas A.
Auteure/Auteur
Márquez, Roberto
Auteure/Auteur
Mazepa, Glib
Auteure/Auteur
Mulder, Kevin P.
Auteure/Auteur
Müller, Hendrik
Auteure/Auteur
O'Connell, Mary J.
Auteure/Auteur
Orozco-terWengel, Pablo
Auteure/Auteur
Palomar, Gemma
Auteure/Auteur
Petzold, Alice
Auteure/Auteur
Pfennig, David W.
Auteure/Auteur
Pfennig, Karin S.
Auteure/Auteur
Reichert, Michael S.
Auteure/Auteur
Robert, Jacques
Auteure/Auteur
Scherz, Mark D.
Auteure/Auteur
Siu-Ting, Karen
Auteure/Auteur
Snead, Anthony A
Auteure/Auteur
Stöck, Matthias
Auteure/Auteur
Stuckert, Adam M. M.
Auteure/Auteur
Stynoski, Jennifer L.
Auteure/Auteur
Tarvin, Rebecca D.
Auteure/Auteur
Wollenberg Valero, Katherina C.
Auteure/Auteur
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Date de publication
2024-07-01
Langue
anglais
Résumé
Amphibians represent a diverse group of tetrapods, marked by deep divergence times between their three systematic orders and families. Studying amphibian biology through the genomics lens increases our understanding of the features of this animal class and that of other terrestrial vertebrates. The need for amphibian genomics resources is more urgent than ever due to the increasing threats to this group. Amphibians are one of the most imperiled taxonomic groups, with approximately 41% of species threatened with extinction due to habitat loss, changes in land use patterns, disease, climate change, and their synergistic effects. Amphibian genomics resources have provided a better understanding of ontogenetic diversity, tissue regeneration, diverse life history and reproductive modes, antipredator strategies, and resilience and adaptive responses. They also serve as critical models for understanding widespread genomic characteristics, including evolutionary genome expansions and contractions given they have the largest range in genome sizes of any animal taxon and multiple mechanisms of genetic sex determination. Despite these features, genome sequencing of amphibians has significantly lagged behind that of other vertebrates, primarily due to the challenges of assembling their large, repeat-rich genomes and the relative lack of societal support. The advent of long-read sequencing technologies, along with computational techniques that enhance scaffolding capabilities and streamline computational workload is now enabling the ability to overcome some of these challenges. To promote and accelerate the production and use of amphibian genomics research through international coordination and collaboration, we launched the Amphibian Genomics Consortium (AGC) in early 2023. This burgeoning community already has more than 282 members from 41 countries (6 in Africa, 131 in the Americas, 27 in Asia, 29 in Australasia, and 89 in Europe). The AGC aims to leverage the diverse capabilities of its members to advance genomic resources for amphibians and bridge the implementation gap between biologists, bioinformaticians, and conservation practitioners. Here we evaluate the state of the field of amphibian genomics, highlight previous studies, present challenges to overcome, and outline how the AGC can enable amphibian genomics research to "leap" to the next level.
PID Serval
serval:BIB_D33ADA552B0D
PMID
Date de création
2024-07-24T08:10:47.207Z
Date de création dans IRIS
2025-05-21T05:02:37Z