Titre

Expanding the Orthologous Matrix (OMA) programmatic interfaces: REST API and the OmaDB packages for R and Python.

Type
article
Institution
UNIL/CHUV/Unisanté + institutions partenaires
Périodique
Auteur(s)
Kaleb, K.
Auteure/Auteur
Vesztrocy, A.W.
Auteure/Auteur
Altenhoff, A.
Auteure/Auteur
Dessimoz, C.
Auteure/Auteur
Liens vers les personnes
Liens vers les unités
ISSN
2046-1402
Statut éditorial
Publié
Date de publication
2019
Volume
8
Première page
42
Peer-reviewed
Oui
Langue
anglais
Notes
Publication types: Journal Article ; Research Support, Non-U.S. Gov't
Publication Status: epublish
Résumé
The Orthologous Matrix (OMA) is a well-established resource to identify orthologs among many genomes. Here, we present two recent additions to its programmatic interface, namely a REST API, and user-friendly R and Python packages called OmaDB. These should further facilitate the incorporation of OMA data into computational scripts and pipelines. The REST API can be freely accessed at https://omabrowser.org/api. The R OmaDB package is available as part of Bioconductor at http://bioconductor.org/packages/OmaDB/, and the omadb Python package is available from the Python Package Index (PyPI) at https://pypi.org/project/omadb/.
Sujets

Genome

Software

API

R

REST

bioconductor

comparative genomics

hierarchical ortholog...

oma

orthologous matrix

orthologs

paralogs

python

PID Serval
serval:BIB_DA9EB0198996
DOI
PMID
Permalien
Open Access
Oui
Date de création
2019-05-03T15:41:31.032Z
Date de création dans IRIS
2025-05-21T01:35:19Z
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Nom

31001419_BIB_DA9EB0198996.pdf

Version du manuscrit

published

Licence

https://creativecommons.org/licenses/by/4.0

Taille

1.72 MB

Format

Adobe PDF

PID Serval

serval:BIB_DA9EB0198996.P001

URN

urn:nbn:ch:serval-BIB_DA9EB01989966

Somme de contrôle

(MD5):178babb5ea1926c9b5ff174d04e72438