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  4. Single-cell CUT&Tag analysis of chromatin modifications in differentiation and tumor progression.
 
  • Détails
Titre

Single-cell CUT&Tag analysis of chromatin modifications in differentiation and tumor progression.

Type
article
Institution
Externe
Périodique
Nature Biotechnology  
Auteur(s)
Wu, S.J.
Auteure/Auteur
Furlan, S.N.
Auteure/Auteur
Mihalas, A.B.
Auteure/Auteur
Kaya-Okur, H.S.
Auteure/Auteur
Feroze, A.H.
Auteure/Auteur
Emerson, S.N.
Auteure/Auteur
Zheng, Y.
Auteure/Auteur
Carson, K.
Auteure/Auteur
Cimino, P.J.
Auteure/Auteur
Keene, C.D.
Auteure/Auteur
Sarthy, J.F.
Auteure/Auteur
Gottardo, R.
Auteure/Auteur
Ahmad, K.
Auteure/Auteur
Henikoff, S.
Auteure/Auteur
Patel, A.P.
Auteure/Auteur
Liens vers les personnes
Gottardo, Raphael  
ISSN
1546-1696
Statut éditorial
Publié
Date de publication
2021-07
Volume
39
Numéro
7
Première page
819
Dernière page/numéro d’article
824
Peer-reviewed
Oui
Langue
anglais
Notes
Publication types: Journal Article ; Research Support, N.I.H., Extramural ; Research Support, Non-U.S. Gov't
Publication Status: ppublish
Résumé
Methods for quantifying gene expression <sup>1</sup> and chromatin accessibility <sup>2</sup> in single cells are well established, but single-cell analysis of chromatin regions with specific histone modifications has been technically challenging. In this study, we adapted the CUT&Tag method <sup>3</sup> to scalable nanowell and droplet-based single-cell platforms to profile chromatin landscapes in single cells (scCUT&Tag) from complex tissues and during the differentiation of human embryonic stem cells. We focused on profiling polycomb group (PcG) silenced regions marked by histone H3 Lys27 trimethylation (H3K27me3) in single cells as an orthogonal approach to chromatin accessibility for identifying cell states. We show that scCUT&Tag profiling of H3K27me3 distinguishes cell types in human blood and allows the generation of cell-type-specific PcG landscapes from heterogeneous tissues. Furthermore, we used scCUT&Tag to profile H3K27me3 in a patient with a brain tumor before and after treatment, identifying cell types in the tumor microenvironment and heterogeneity in PcG activity in the primary sample and after treatment.
Sujets

Brain Neoplasms/genet...

Brain Neoplasms/metab...

Cell Differentiation

Chromatin/genetics

Chromatin/physiology

Embryonic Stem Cells

Gene Expression Regul...

Gene Silencing

Humans

Jumonji Domain-Contai...

Jumonji Domain-Contai...

K562 Cells

Polycomb-Group Protei...

Polycomb-Group Protei...

Single-Cell Analysis

PID Serval
serval:BIB_CE7A12D8A905
DOI
10.1038/s41587-021-00865-z
PMID
33846646
WOS
000639633800002
Permalien
https://iris.unil.ch/handle/iris/191847
Date de création
2022-02-28T10:45:34.332Z
Date de création dans IRIS
2025-05-21T01:55:49Z
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