Titre

Automated assembly scaffolding using RagTag elevates a new tomato system for high-throughput genome editing.

Type
article
Institution
UNIL/CHUV/Unisanté + institutions partenaires
Périodique
Auteur(s)
Alonge, M.
Auteure/Auteur
Lebeigle, L.
Auteure/Auteur
Kirsche, M.
Auteure/Auteur
Jenike, K.
Auteure/Auteur
Ou, S.
Auteure/Auteur
Aganezov, S.
Auteure/Auteur
Wang, X.
Auteure/Auteur
Lippman, Z.B.
Auteure/Auteur
Schatz, M.C.
Auteure/Auteur
Soyk, S.
Auteure/Auteur
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ISSN
1474-760X
Statut éditorial
Publié
Date de publication
2022-12-15
Volume
23
Numéro
1
Première page
258
Peer-reviewed
Oui
Langue
anglais
Notes
Publication types: Journal Article ; Research Support, N.I.H., Extramural ; Research Support, U.S. Gov't, Non-P.H.S. ; Research Support, Non-U.S. Gov't
Publication Status: epublish
Résumé
Advancing crop genomics requires efficient genetic systems enabled by high-quality personalized genome assemblies. Here, we introduce RagTag, a toolset for automating assembly scaffolding and patching, and we establish chromosome-scale reference genomes for the widely used tomato genotype M82 along with Sweet-100, a new rapid-cycling genotype that we developed to accelerate functional genomics and genome editing in tomato. This work outlines strategies to rapidly expand genetic systems and genomic resources in other plant species.
Sujets

Solanum lycopersicum/...

Gene Editing

Genomics

Genome

Genotype

Assembly scaffolding

Genome editing

Genome sequencing

Tomato

PID Serval
serval:BIB_534AE24D7E44
DOI
PMID
WOS
Permalien
Open Access
Oui
Date de création
2022-12-27T10:44:41.985Z
Date de création dans IRIS
2025-05-20T17:35:06Z
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Nom

36522651_BIB_534AE24D7E44.pdf

Version du manuscrit

published

Licence

https://creativecommons.org/licenses/by/4.0

Taille

5.18 MB

Format

Adobe PDF

PID Serval

serval:BIB_534AE24D7E44.P001

URN

urn:nbn:ch:serval-BIB_534AE24D7E445

Somme de contrôle

(MD5):88f599676373815d5af9df4c338a53ed