Titre
Standardized Whole-Blood Transcriptional Profiling Enables the Deconvolution of Complex Induced Immune Responses.
Type
article
Institution
Externe
Périodique
Auteur(s)
Urrutia, A.
Auteure/Auteur
Duffy, D.
Auteure/Auteur
Rouilly, V.
Auteure/Auteur
Posseme, C.
Auteure/Auteur
Djebali, R.
Auteure/Auteur
Illanes, G.
Auteure/Auteur
Libri, V.
Auteure/Auteur
Albaud, B.
Auteure/Auteur
Gentien, D.
Auteure/Auteur
Piasecka, B.
Auteure/Auteur
Hasan, M.
Auteure/Auteur
Fontes, M.
Auteure/Auteur
Quintana-Murci, L.
Auteure/Auteur
Albert, M.L.
Auteure/Auteur
Contributrices/contributeurs
Abel, L.
Alcover, A.
Astrom, K.
Bousso, P.
Bruhns, P.
Cumano, A.
Demangel, C.
Deriano, L.
Di Santo, J.
Dromer, F.
Eberl, G.
Enninga, J.
Fellay, J.
Freitas, A.
Gelpi, O.
Gomperts-Boneca, I.
Hercberg, S.
Lantz, O.
Leclerc, C.
Mouquet, H.
Pellegrini, S.
Pol, S.
Rogge, L.
Sakuntabhai, A.
Schwartz, O.
Schwikowski, B.
Shorte, S.
Soumelis, V.
Tangy, F.
Tartour, E.
Toubert, A.
Ungeheuer, M.N.
Quintana-Murci, L.
Albert, M.L.
Groupes de travail
Milieu Intérieur Consortium
Liens vers les personnes
ISSN
2211-1247
Statut éditorial
Publié
Date de publication
2016-09-06
Volume
16
Numéro
10
Première page
2777
Dernière page/numéro d’article
2791
Peer-reviewed
Oui
Langue
anglais
Notes
Publication types: Journal Article
Publication Status: ppublish
Publication Status: ppublish
Résumé
Systems approaches for the study of immune signaling pathways have been traditionally based on purified cells or cultured lines. However, in vivo responses involve the coordinated action of multiple cell types, which interact to establish an inflammatory microenvironment. We employed standardized whole-blood stimulation systems to test the hypothesis that responses to Toll-like receptor ligands or whole microbes can be defined by the transcriptional signatures of key cytokines. We found 44 genes, identified using Support Vector Machine learning, that captured the diversity of complex innate immune responses with improved segregation between distinct stimuli. Furthermore, we used donor variability to identify shared inter-cellular pathways and trace cytokine loops involved in gene expression. This provides strategies for dimension reduction of large datasets and deconvolution of innate immune responses applicable for characterizing immunomodulatory molecules. Moreover, we provide an interactive R-Shiny application with healthy donor reference values for induced inflammatory genes.
PID Serval
serval:BIB_5EC5E6043FB7
PMID
URL éditeur
Open Access
Oui
Date de création
2017-10-19T08:03:32.248Z
Date de création dans IRIS
2025-05-20T17:44:33Z