Titre
A high-resolution anatomical atlas of the transcriptome in the mouse embryo.
Type
article
Institution
UNIL/CHUV/Unisanté + institutions partenaires
Périodique
Auteur(s)
Diez-Roux, G.
Auteure/Auteur
Banfi, S.
Auteure/Auteur
Sultan, M.
Auteure/Auteur
Geffers, L.
Auteure/Auteur
Anand, S.
Auteure/Auteur
Rozado, D.
Auteure/Auteur
Magen, A.
Auteure/Auteur
Canidio, E.
Auteure/Auteur
Pagani, M.
Auteure/Auteur
Peluso, I.
Auteure/Auteur
Lin-Marq, N.
Auteure/Auteur
Koch, M.
Auteure/Auteur
Bilio, M.
Auteure/Auteur
Cantiello, I.
Auteure/Auteur
Verde, R.
Auteure/Auteur
De Masi, C.
Auteure/Auteur
Bianchi, S.A.
Auteure/Auteur
Cicchini, J.
Auteure/Auteur
Perroud, E.
Auteure/Auteur
Mehmeti, S.
Auteure/Auteur
Dagand, E.
Auteure/Auteur
Schrinner, S.
Auteure/Auteur
Nürnberger, A.
Auteure/Auteur
Schmidt, K.
Auteure/Auteur
Metz, K.
Auteure/Auteur
Zwingmann, C.
Auteure/Auteur
Brieske, N.
Auteure/Auteur
Springer, C.
Auteure/Auteur
Hernandez, A.M.
Auteure/Auteur
Herzog, S.
Auteure/Auteur
Grabbe, F.
Auteure/Auteur
Sieverding, C.
Auteure/Auteur
Fischer, B.
Auteure/Auteur
Schrader, K.
Auteure/Auteur
Brockmeyer, M.
Auteure/Auteur
Dettmer, S.
Auteure/Auteur
Helbig, C.
Auteure/Auteur
Alunni, V.
Auteure/Auteur
Battaini, M.A.
Auteure/Auteur
Mura, C.
Auteure/Auteur
Henrichsen, C.N.
Auteure/Auteur
Garcia-Lopez, R.
Auteure/Auteur
Echevarria, D.
Auteure/Auteur
Puelles, E.
Auteure/Auteur
Garcia-Calero, E.
Auteure/Auteur
Kruse, S.
Auteure/Auteur
Uhr, M.
Auteure/Auteur
Kauck, C.
Auteure/Auteur
Feng, G.
Auteure/Auteur
Milyaev, N.
Auteure/Auteur
Ong, C.K.
Auteure/Auteur
Kumar, L.
Auteure/Auteur
Lam, M.
Auteure/Auteur
Semple, C.A.
Auteure/Auteur
Gyenesei, A.
Auteure/Auteur
Mundlos, S.
Auteure/Auteur
Radelof, U.
Auteure/Auteur
Lehrach, H.
Auteure/Auteur
Sarmientos, P.
Auteure/Auteur
Reymond, A.
Auteure/Auteur
Davidson, D.R.
Auteure/Auteur
Dollé, P.
Auteure/Auteur
Antonarakis, S.E.
Auteure/Auteur
Yaspo, M.L.
Auteure/Auteur
Martinez, S.
Auteure/Auteur
Baldock, R.A.
Auteure/Auteur
Eichele, G.
Auteure/Auteur
Ballabio, A.
Auteure/Auteur
Liens vers les personnes
Liens vers les unités
ISSN
1545-7885
Statut éditorial
Publié
Date de publication
2011
Volume
9
Numéro
1
Première page
e1000582
Langue
anglais
Résumé
Ascertaining when and where genes are expressed is of crucial importance to understanding or predicting the physiological role of genes and proteins and how they interact to form the complex networks that underlie organ development and function. It is, therefore, crucial to determine on a genome-wide level, the spatio-temporal gene expression profiles at cellular resolution. This information is provided by colorimetric RNA in situ hybridization that can elucidate expression of genes in their native context and does so at cellular resolution. We generated what is to our knowledge the first genome-wide transcriptome atlas by RNA in situ hybridization of an entire mammalian organism, the developing mouse at embryonic day 14.5. This digital transcriptome atlas, the Eurexpress atlas (http://www.eurexpress.org), consists of a searchable database of annotated images that can be interactively viewed. We generated anatomy-based expression profiles for over 18,000 coding genes and over 400 microRNAs. We identified 1,002 tissue-specific genes that are a source of novel tissue-specific markers for 37 different anatomical structures. The quality and the resolution of the data revealed novel molecular domains for several developing structures, such as the telencephalon, a novel organization for the hypothalamus, and insight on the Wnt network involved in renal epithelial differentiation during kidney development. The digital transcriptome atlas is a powerful resource to determine co-expression of genes, to identify cell populations and lineages, and to identify functional associations between genes relevant to development and disease.
PID Serval
serval:BIB_F3EE1FDA19D6
PMID
Open Access
Oui
Date de création
2011-03-28T09:48:42.046Z
Date de création dans IRIS
2025-05-21T06:03:17Z
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Nom
BIB_F3EE1FDA19D6.P001.pdf
Version du manuscrit
preprint
Taille
3.88 MB
Format
Adobe PDF
PID Serval
serval:BIB_F3EE1FDA19D6.P001
URN
urn:nbn:ch:serval-BIB_F3EE1FDA19D61
Somme de contrôle
(MD5):2b11fd06f62d51709bc9648fcb907148