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  4. From microbiome composition to functional engineering, one step at a time.
 
  • Détails
Titre

From microbiome composition to functional engineering, one step at a time.

Type
article
Institution
UNIL/CHUV/Unisanté + institutions partenaires
Périodique
Microbiology and Molecular Biology Reviews  
Auteur(s)
Burz, S.D.
Auteure/Auteur
Causevic, S.
Auteure/Auteur
Dal Co, A.
Auteure/Auteur
Dmitrijeva, M.
Auteure/Auteur
Engel, P.
Auteure/Auteur
Garrido-Sanz, D.
Auteure/Auteur
Greub, G.
Auteure/Auteur
Hapfelmeier, S.
Auteure/Auteur
Hardt, W-D
Auteure/Auteur
Hatzimanikatis, V.
Auteure/Auteur
Heiman, C.M.
Auteure/Auteur
Herzog, MK-M
Auteure/Auteur
Hockenberry, A.
Auteure/Auteur
Keel, C.
Auteure/Auteur
Keppler, A.
Auteure/Auteur
Lee, S-J
Auteure/Auteur
Luneau, J.
Auteure/Auteur
Malfertheiner, L.
Auteure/Auteur
Mitri, S.
Auteure/Auteur
Ngyuen, B.
Auteure/Auteur
Oftadeh, O.
Auteure/Auteur
Pacheco, A.R.
Auteure/Auteur
Peaudecerf, F.
Auteure/Auteur
Resch, G.
Auteure/Auteur
Ruscheweyh, H-J
Auteure/Auteur
Sahin, A.
Auteure/Auteur
Sanders, I.R.
Auteure/Auteur
Slack, E.
Auteure/Auteur
Sunagawa, S.
Auteure/Auteur
Tackmann, J.
Auteure/Auteur
Tecon, R.
Auteure/Auteur
Ugolini, G.S.
Auteure/Auteur
Vacheron, J.
Auteure/Auteur
van der Meer, J.R.
Auteure/Auteur
Vayena, E.
Auteure/Auteur
Vonaesch, P.
Auteure/Auteur
Vorholt, J.A.
Auteure/Auteur
Liens vers les personnes
Greub, Gilbert  
Keel, Christoph  
Mitri, Sara  
Resch, Grégory  
Sanders, Ian  
van der Meer, Jan Roelof  
Engel, Philipp  
Heiman, Clara  
Vacheron, Jordan  
Causevic Bützberger, Senka  
Lee, Soon-Jae  
Tecon, Robin  
Garrido Sanz, Daniel  
Vonaesch, Pascale  
Burz, Sébastian  
Luneau, Julien  
Liens vers les unités
Dép. microbiologie fondamentale  
Dép. de biologie computationnelle  
Institut universitaire de microbiologie  
Dép. d'écologie et d'évolution  
Sciences pharmaceutiques cliniques  
ISSN
1098-5557
Statut éditorial
Publié
Date de publication
2023-12-20
Volume
87
Numéro
4
Première page
e0006323
Peer-reviewed
Oui
Langue
anglais
Notes
Publication types: Journal Article ; Review
Publication Status: ppublish
Résumé
SUMMARYCommunities of microorganisms (microbiota) are present in all habitats on Earth and are relevant for agriculture, health, and climate. Deciphering the mechanisms that determine microbiota dynamics and functioning within the context of their respective environments or hosts (the microbiomes) is crucially important. However, the sheer taxonomic, metabolic, functional, and spatial complexity of most microbiomes poses substantial challenges to advancing our knowledge of these mechanisms. While nucleic acid sequencing technologies can chart microbiota composition with high precision, we mostly lack information about the functional roles and interactions of each strain present in a given microbiome. This limits our ability to predict microbiome function in natural habitats and, in the case of dysfunction or dysbiosis, to redirect microbiomes onto stable paths. Here, we will discuss a systematic approach (dubbed the N+1/N-1 concept) to enable step-by-step dissection of microbiome assembly and functioning, as well as intervention procedures to introduce or eliminate one particular microbial strain at a time. The N+1/N-1 concept is informed by natural invasion events and selects culturable, genetically accessible microbes with well-annotated genomes to chart their proliferation or decline within defined synthetic and/or complex natural microbiota. This approach enables harnessing classical microbiological and diversity approaches, as well as omics tools and mathematical modeling to decipher the mechanisms underlying N+1/N-1 microbiota outcomes. Application of this concept further provides stepping stones and benchmarks for microbiome structure and function analyses and more complex microbiome intervention strategies.
Sujets

Humans

Microbiota/genetics

Dysbiosis

focal strains

inoculants

microbiome developmen...

microbiota

modeling

systems’ analysis

PID Serval
serval:BIB_422DE1C48246
DOI
10.1128/mmbr.00063-23
PMID
37947420
WOS
001099661200001
Permalien
https://iris.unil.ch/handle/iris/48349
Date de création
2023-11-13T13:14:59.551Z
Date de création dans IRIS
2025-05-20T14:37:09Z
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