Titre
From microbiome composition to functional engineering, one step at a time.
Type
article
Institution
UNIL/CHUV/Unisanté + institutions partenaires
Périodique
Auteur(s)
Burz, S.D.
Auteure/Auteur
Causevic, S.
Auteure/Auteur
Dal Co, A.
Auteure/Auteur
Dmitrijeva, M.
Auteure/Auteur
Engel, P.
Auteure/Auteur
Garrido-Sanz, D.
Auteure/Auteur
Greub, G.
Auteure/Auteur
Hapfelmeier, S.
Auteure/Auteur
Hardt, W-D
Auteure/Auteur
Hatzimanikatis, V.
Auteure/Auteur
Heiman, C.M.
Auteure/Auteur
Herzog, MK-M
Auteure/Auteur
Hockenberry, A.
Auteure/Auteur
Keel, C.
Auteure/Auteur
Keppler, A.
Auteure/Auteur
Lee, S-J
Auteure/Auteur
Luneau, J.
Auteure/Auteur
Malfertheiner, L.
Auteure/Auteur
Mitri, S.
Auteure/Auteur
Ngyuen, B.
Auteure/Auteur
Oftadeh, O.
Auteure/Auteur
Pacheco, A.R.
Auteure/Auteur
Peaudecerf, F.
Auteure/Auteur
Resch, G.
Auteure/Auteur
Ruscheweyh, H-J
Auteure/Auteur
Sahin, A.
Auteure/Auteur
Sanders, I.R.
Auteure/Auteur
Slack, E.
Auteure/Auteur
Sunagawa, S.
Auteure/Auteur
Tackmann, J.
Auteure/Auteur
Tecon, R.
Auteure/Auteur
Ugolini, G.S.
Auteure/Auteur
Vacheron, J.
Auteure/Auteur
van der Meer, J.R.
Auteure/Auteur
Vayena, E.
Auteure/Auteur
Vonaesch, P.
Auteure/Auteur
Vorholt, J.A.
Auteure/Auteur
ISSN
1098-5557
Statut éditorial
Publié
Date de publication
2023-12-20
Volume
87
Numéro
4
Première page
e0006323
Peer-reviewed
Oui
Langue
anglais
Notes
Publication types: Journal Article ; Review
Publication Status: ppublish
Publication Status: ppublish
Résumé
SUMMARYCommunities of microorganisms (microbiota) are present in all habitats on Earth and are relevant for agriculture, health, and climate. Deciphering the mechanisms that determine microbiota dynamics and functioning within the context of their respective environments or hosts (the microbiomes) is crucially important. However, the sheer taxonomic, metabolic, functional, and spatial complexity of most microbiomes poses substantial challenges to advancing our knowledge of these mechanisms. While nucleic acid sequencing technologies can chart microbiota composition with high precision, we mostly lack information about the functional roles and interactions of each strain present in a given microbiome. This limits our ability to predict microbiome function in natural habitats and, in the case of dysfunction or dysbiosis, to redirect microbiomes onto stable paths. Here, we will discuss a systematic approach (dubbed the N+1/N-1 concept) to enable step-by-step dissection of microbiome assembly and functioning, as well as intervention procedures to introduce or eliminate one particular microbial strain at a time. The N+1/N-1 concept is informed by natural invasion events and selects culturable, genetically accessible microbes with well-annotated genomes to chart their proliferation or decline within defined synthetic and/or complex natural microbiota. This approach enables harnessing classical microbiological and diversity approaches, as well as omics tools and mathematical modeling to decipher the mechanisms underlying N+1/N-1 microbiota outcomes. Application of this concept further provides stepping stones and benchmarks for microbiome structure and function analyses and more complex microbiome intervention strategies.
PID Serval
serval:BIB_422DE1C48246
PMID
Date de création
2023-11-13T13:14:59.551Z
Date de création dans IRIS
2025-05-20T14:37:09Z