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  4. BUSCO Applications from Quality Assessments to Gene Prediction and Phylogenomics.
 
  • Détails
Titre

BUSCO Applications from Quality Assessments to Gene Prediction and Phylogenomics.

Type
recension de livre
Institution
UNIL/CHUV/Unisanté + institutions partenaires
Périodique
Molecular Biology and Evolution  
Auteur(s)
Waterhouse, R.M.
Auteure/Auteur
Seppey, M.
Auteure/Auteur
Simão, F.A.
Auteure/Auteur
Manni, M.
Auteure/Auteur
Ioannidis, P.
Auteure/Auteur
Klioutchnikov, G.
Auteure/Auteur
Kriventseva, E.V.
Auteure/Auteur
Zdobnov, E.M.
Auteure/Auteur
Liens vers les personnes
Waterhouse, Robert  
Liens vers les unités
Dép. d'écologie et d'évolution  
Institut Suisse de Bioinformatique  
Groupe Waterhouse  
ISSN
1537-1719
Statut éditorial
Publié
Date de publication
2018-03-01
Volume
35
Numéro
3
Première page
543
Dernière page/numéro d’article
548
Peer-reviewed
Oui
Langue
anglais
Notes
Publication types: Journal Article
Publication Status: ppublish
Résumé
Genomics promises comprehensive surveying of genomes and metagenomes, but rapidly changing technologies and expanding data volumes make evaluation of completeness a challenging task. Technical sequencing quality metrics can be complemented by quantifying completeness of genomic data sets in terms of the expected gene content of Benchmarking Universal Single-Copy Orthologs (BUSCO, http://busco.ezlab.org). The latest software release implements a complete refactoring of the code to make it more flexible and extendable to facilitate high-throughput assessments. The original six lineage assessment data sets have been updated with improved species sampling, 34 new subsets have been built for vertebrates, arthropods, fungi, and prokaryotes that greatly enhance resolution, and data sets are now also available for nematodes, protists, and plants. Here, we present BUSCO v3 with example analyses that highlight the wide-ranging utility of BUSCO assessments, which extend beyond quality control of genomics data sets to applications in comparative genomics analyses, gene predictor training, metagenomics, and phylogenomics.
Sujets

transcriptomics

metagenomics

bioinformatics

evolution

genomics

PID Serval
serval:BIB_2A4C7F8DA305
DOI
10.1093/molbev/msx319
PMID
29220515
WOS
000427260700002
Permalien
https://iris.unil.ch/handle/iris/121096
Open Access
Oui
Date de création
2017-12-16T17:38:40.985Z
Date de création dans IRIS
2025-05-20T20:08:07Z
Fichier(s)
En cours de chargement...
Vignette d'image
Nom

msx319.pdf

Version du manuscrit

published

Taille

989.04 KB

Format

Adobe PDF

PID Serval

serval:BIB_2A4C7F8DA305.P001

URN

urn:nbn:ch:serval-BIB_2A4C7F8DA3051

Somme de contrôle

(MD5):926868ed8d31248d4f533b2dfd1d8483

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