Titre
GENCODE: the reference human genome annotation for The ENCODE Project.
Type
article
Institution
UNIL/CHUV/Unisanté + institutions partenaires
Périodique
Auteur(s)
Harrow, J.
Auteure/Auteur
Frankish, A.
Auteure/Auteur
Gonzalez, J.M.
Auteure/Auteur
Tapanari, E.
Auteure/Auteur
Diekhans, M.
Auteure/Auteur
Kokocinski, F.
Auteure/Auteur
Aken, B.L.
Auteure/Auteur
Barrell, D.
Auteure/Auteur
Zadissa, A.
Auteure/Auteur
Searle, S.
Auteure/Auteur
Barnes, I.
Auteure/Auteur
Bignell, A.
Auteure/Auteur
Boychenko, V.
Auteure/Auteur
Hunt, T.
Auteure/Auteur
Kay, M.
Auteure/Auteur
Mukherjee, G.
Auteure/Auteur
Rajan, J.
Auteure/Auteur
Despacio-Reyes, G.
Auteure/Auteur
Saunders, G.
Auteure/Auteur
Steward, C.
Auteure/Auteur
Harte, R.
Auteure/Auteur
Lin, M.
Auteure/Auteur
Howald, C.
Auteure/Auteur
Tanzer, A.
Auteure/Auteur
Derrien, T.
Auteure/Auteur
Chrast, J.
Auteure/Auteur
Walters, N.
Auteure/Auteur
Balasubramanian, S.
Auteure/Auteur
Pei, B.
Auteure/Auteur
Tress, M.
Auteure/Auteur
Rodriguez, J.M.
Auteure/Auteur
Ezkurdia, I.
Auteure/Auteur
van Baren, J.
Auteure/Auteur
Brent, M.
Auteure/Auteur
Haussler, D.
Auteure/Auteur
Kellis, M.
Auteure/Auteur
Valencia, A.
Auteure/Auteur
Reymond, A.
Auteure/Auteur
Gerstein, M.
Auteure/Auteur
Guigó, R.
Auteure/Auteur
Hubbard, T.J.
Auteure/Auteur
Liens vers les personnes
Liens vers les unités
ISSN
1549-5469
Statut éditorial
Publié
Date de publication
2012
Volume
22
Numéro
9
Première page
1760
Dernière page/numéro d’article
1774
Langue
anglais
Résumé
The GENCODE Consortium aims to identify all gene features in the human genome using a combination of computational analysis, manual annotation, and experimental validation. Since the first public release of this annotation data set, few new protein-coding loci have been added, yet the number of alternative splicing transcripts annotated has steadily increased. The GENCODE 7 release contains 20,687 protein-coding and 9640 long noncoding RNA loci and has 33,977 coding transcripts not represented in UCSC genes and RefSeq. It also has the most comprehensive annotation of long noncoding RNA (lncRNA) loci publicly available with the predominant transcript form consisting of two exons. We have examined the completeness of the transcript annotation and found that 35% of transcriptional start sites are supported by CAGE clusters and 62% of protein-coding genes have annotated polyA sites. Over one-third of GENCODE protein-coding genes are supported by peptide hits derived from mass spectrometry spectra submitted to Peptide Atlas. New models derived from the Illumina Body Map 2.0 RNA-seq data identify 3689 new loci not currently in GENCODE, of which 3127 consist of two exon models indicating that they are possibly unannotated long noncoding loci. GENCODE 7 is publicly available from gencodegenes.org and via the Ensembl and UCSC Genome Browsers.
PID Serval
serval:BIB_60ACD7FC0F0C
PMID
Open Access
Oui
Date de création
2012-12-19T14:56:36.493Z
Date de création dans IRIS
2025-05-20T20:06:07Z
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Nom
22955987_BIB_60ACD7FC0F0C.pdf
Version du manuscrit
published
Licence
https://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0
Taille
1.76 MB
Format
Adobe PDF
PID Serval
serval:BIB_60ACD7FC0F0C.P001
URN
urn:nbn:ch:serval-BIB_60ACD7FC0F0C1
Somme de contrôle
(MD5):c240aeed883a003b3e072995038a4aa0