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  4. GenPipes: an open-source framework for distributed and scalable genomic analyses.
 
  • Détails
Titre

GenPipes: an open-source framework for distributed and scalable genomic analyses.

Type
article
Institution
UNIL/CHUV/Unisanté + institutions partenaires
Périodique
GigaScience  
Auteur(s)
Bourgey, M.
Auteure/Auteur
Dali, R.
Auteure/Auteur
Eveleigh, R.
Auteure/Auteur
Chen, K.C.
Auteure/Auteur
Letourneau, L.
Auteure/Auteur
Fillon, J.
Auteure/Auteur
Michaud, M.
Auteure/Auteur
Caron, M.
Auteure/Auteur
Sandoval, J.
Auteure/Auteur
Lefebvre, F.
Auteure/Auteur
Leveque, G.
Auteure/Auteur
Mercier, E.
Auteure/Auteur
Bujold, D.
Auteure/Auteur
Marquis, P.
Auteure/Auteur
Van, P.T.
Auteure/Auteur
Anderson de Lima Morais, D.
Auteure/Auteur
Tremblay, J.
Auteure/Auteur
Shao, X.
Auteure/Auteur
Henrion, E.
Auteure/Auteur
Gonzalez, E.
Auteure/Auteur
Quirion, P.O.
Auteure/Auteur
Caron, B.
Auteure/Auteur
Bourque, G.
Auteure/Auteur
Liens vers les unités
Dép. d'écologie et d'évolution  
ISSN
2047-217X
Statut éditorial
Publié
Date de publication
2019-06-01
Volume
8
Numéro
6
Peer-reviewed
Oui
Langue
anglais
Notes
Publication types: Journal Article
Publication Status: ppublish
Résumé
With the decreasing cost of sequencing and the rapid developments in genomics technologies and protocols, the need for validated bioinformatics software that enables efficient large-scale data processing is growing.
Here we present GenPipes, a flexible Python-based framework that facilitates the development and deployment of multi-step workflows optimized for high-performance computing clusters and the cloud. GenPipes already implements 12 validated and scalable pipelines for various genomics applications, including RNA sequencing, chromatin immunoprecipitation sequencing, DNA sequencing, methylation sequencing, Hi-C, capture Hi-C, metagenomics, and Pacific Biosciences long-read assembly. The software is available under a GPLv3 open source license and is continuously updated to follow recent advances in genomics and bioinformatics. The framework has already been configured on several servers, and a Docker image is also available to facilitate additional installations.
GenPipes offers genomics researchers a simple method to analyze different types of data, customizable to their needs and resources, as well as the flexibility to create their own workflows.
Sujets

bioinformatics

frameworks

genomics

pipeline

workflow

workflow management s...

PID Serval
serval:BIB_52A465B393FA
DOI
10.1093/gigascience/giz037
PMID
31185495
Permalien
https://iris.unil.ch/handle/iris/112170
Open Access
Oui
Date de création
2019-06-24T06:11:03.877Z
Date de création dans IRIS
2025-05-20T19:28:27Z
Fichier(s)
En cours de chargement...
Vignette d'image
Nom

31185495_BIB_52A465B393FA.pdf

Version du manuscrit

preprint

Licence

https://creativecommons.org/licenses/by/4.0

Taille

17.84 MB

Format

Adobe PDF

PID Serval

serval:BIB_52A465B393FA.P001

URN

urn:nbn:ch:serval-BIB_52A465B393FA9

Somme de contrôle

(MD5):6aa701d60c84ec7c74e5f010561b37ec

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