Titre

Interoperable and scalable data analysis with microservices: applications in metabolomics.

Type
article
Institution
UNIL/CHUV/Unisanté + institutions partenaires
Périodique
Auteur(s)
Emami Khoonsari, P.
Auteure/Auteur
Moreno, P.
Auteure/Auteur
Bergmann, S.
Auteure/Auteur
Burman, J.
Auteure/Auteur
Capuccini, M.
Auteure/Auteur
Carone, M.
Auteure/Auteur
Cascante, M.
Auteure/Auteur
de Atauri, P.
Auteure/Auteur
Foguet, C.
Auteure/Auteur
Gonzalez-Beltran, A.N.
Auteure/Auteur
Hankemeier, T.
Auteure/Auteur
Haug, K.
Auteure/Auteur
He, S.
Auteure/Auteur
Herman, S.
Auteure/Auteur
Johnson, D.
Auteure/Auteur
Kale, N.
Auteure/Auteur
Larsson, A.
Auteure/Auteur
Neumann, S.
Auteure/Auteur
Peters, K.
Auteure/Auteur
Pireddu, L.
Auteure/Auteur
Rocca-Serra, P.
Auteure/Auteur
Roger, P.
Auteure/Auteur
Rueedi, R.
Auteure/Auteur
Ruttkies, C.
Auteure/Auteur
Sadawi, N.
Auteure/Auteur
Salek, R.M.
Auteure/Auteur
Sansone, S.A.
Auteure/Auteur
Schober, D.
Auteure/Auteur
Selivanov, V.
Auteure/Auteur
Thévenot, E.A.
Auteure/Auteur
van Vliet, M.
Auteure/Auteur
Zanetti, G.
Auteure/Auteur
Steinbeck, C.
Auteure/Auteur
Kultima, K.
Auteure/Auteur
Spjuth, O.
Auteure/Auteur
Liens vers les personnes
Liens vers les unités
ISSN
1367-4811
Statut éditorial
Publié
Date de publication
2019-10-01
Volume
35
Numéro
19
Première page
3752
Dernière page/numéro d’article
3760
Peer-reviewed
Oui
Langue
anglais
Notes
Publication types: Journal Article
Publication Status: ppublish
Résumé
Developing a robust and performant data analysis workflow that integrates all necessary components whilst still being able to scale over multiple compute nodes is a challenging task. We introduce a generic method based on the microservice architecture, where software tools are encapsulated as Docker containers that can be connected into scientific workflows and executed using the Kubernetes container orchestrator.
We developed a Virtual Research Environment (VRE) which facilitates rapid integration of new tools and developing scalable and interoperable workflows for performing metabolomics data analysis. The environment can be launched on-demand on cloud resources and desktop computers. IT-expertise requirements on the user side are kept to a minimum, and workflows can be re-used effortlessly by any novice user. We validate our method in the field of metabolomics on two mass spectrometry, one nuclear magnetic resonance spectroscopy and one fluxomics study. We showed that the method scales dynamically with increasing availability of computational resources. We demonstrated that the method facilitates interoperability using integration of the major software suites resulting in a turn-key workflow encompassing all steps for mass-spectrometry-based metabolomics including preprocessing, statistics and identification. Microservices is a generic methodology that can serve any scientific discipline and opens up for new types of large-scale integrative science.
The PhenoMeNal consortium maintains a web portal (https://portal.phenomenal-h2020.eu) providing a GUI for launching the Virtual Research Environment. The GitHub repository https://github.com/phnmnl/ hosts the source code of all projects.
Supplementary data are available at Bioinformatics online.
PID Serval
serval:BIB_2E01B5B0EEB9
DOI
PMID
Permalien
Open Access
Oui
Date de création
2019-04-08T15:49:54.997Z
Date de création dans IRIS
2025-05-20T18:17:07Z
Fichier(s)
En cours de chargement...
Vignette d'image
Nom

30851093_BIB_2E01B5B0EEB9.pdf

Version du manuscrit

published

Licence

https://creativecommons.org/licenses/by/4.0

Taille

4.19 MB

Format

Adobe PDF

PID Serval

serval:BIB_2E01B5B0EEB9.P001

URN

urn:nbn:ch:serval-BIB_2E01B5B0EEB90

Somme de contrôle

(MD5):5bab0a928609fd15493d19ee1e3916e5